A Samsung helyét a 90-es évek közepén szponzorként pedig a Zollner foglalta el. A 90-es évek második felében kiesés ellen küzdő klub az 1999/2000-es idényben morálisan és szakmailag is teljesen szétesett, egymást követték a nagyobb zakók, így végül utolsóként búcsúzott az élvonaltól a Vác és 2000 őszén már a negyedosztályban találta magát. Innen egy bronz éremmel kerültek vissza a harmadosztályba, majd 2003-ban feljutott a második vonalba az immár Dunakanyar névre keresztelt klub.

1987 őszén első pest-megyei csapatként megkezdhette szereplését az NB I-ben, ahol 13 évet töltött el. Ebben az időben állt a csapat mellé támogatóként a Samsung, mely évekig biztosította az elsőosztályú szereplés biztos anyagi hátterét. Az ismételt benntmaradásokat követően az első jelentősebb eredmény egy negyedik helyezés volt (1991), majd 1992-ben már ezüst éremig jutott a csapat. A következő idényben egy újabb bajnoki ezüst érem következett, majd 1994-ben elérte a váci futball legnagyobb eredményét: a Vác FC magyar bajnok lett 46 ponttal. A bajnok csapat és a siker korszak edzője Csank János volt, aki két évtizeddel később egészen más szinten és más körülmények között vezette bajnoki címre ismét a váci labdarúgást. Az 1994-es bajnok csapat tagjai: Hahn Árpád, Koszta János, Nyilas Elek, Puglits Gábor, Nagy Tibor, Kriska Gábor, Aranyos Imre, Romanek János, Füle Antal, Víg Péter, Simon Antal, Szedlacsek István, Kasza István, Répási László, Molnár György, Miovecz Zoltán, Dzurják József, Szalai Attila, Sallai Tibor, Burzi Attila, Nyikos József, Schwarcz Zoltán, Bereczki Péter, Hámori István és Kelemen Zsolt. Közülük nyolcan a címeres mezt is magukra ölthették, köztük Nagy Tibor, Koszta János, Répássy László, Simon Antal, Hahn Árpád és Puglits Gábor. Élcsapatként azonban nem kellett sokáig számolni az erőn felül teljesítő alakulattal, a következő évek ismét a kiesés elleni küzdelemmel teltek, az első 10 közé többé már nem sikerült bejutni. Ebben az évtizedben három magyar-kupa döntőt is játszott a Vác, győznie azonban egyszer sem sikerült: 1991-ben és 1995-ben a Fradi, míg 1992-ben az Újpest múlta felül a vidéki egyletet. 1994-ben szuper-kupa döntőt is játszott a csapat, a Fraditól azonban itt is kikapott (2-1). Az első nemzetközi szereplés az akkorra már presztízsét vesztett Mitropa-kupán jutott a Vácnak: Pisában, Olaszországban vettek részt a hatcsapatos megmérettetésen. A csoportmérkőzések során előbb egy 4-1-es vereség következett a Pescara ellen, a Slovan Bratyiszlavát azonban 6-0-ra lelépték a váciak. Így gólkülönbséggel megnyerték a hármas csoportot, a döntőben azonban a házigazda Pisa 3-0-ra könnyedén legyőzte a Vácot. 1989 nyarán az Intertotó-Kupa csoportkörébe kapcsolódott be a váci csapat, az osztrák Tirol, a svájci Bellinzona és a bulgár Tarnovo ellen játszott összesen 6 mérkőzést, az eredmény 2 győzelem, 3 döntetlen és egy vereség volt. Két évvel később ismét az Intertotó-kupa csoportkörében a dán Ikast, az osztrák Casino Salzburg és a német Hallescher voltak az ellenfelek, ekkor egy győzelem, egy döntetlen és négy vereség jutott osztályrészül. 1991. őszén az UEFA-kupában szerepelhetett a Vác: a Dinamó Moszkvát odahaza 1-0 arányban sikerült legyőzni, az orosz fővárosban azonban már 4-1-es vereség lett a vége. 1992-ben nyáron ismét az Intertotó-kupa csoportkörében szerepeltek a váciak: a dán Aarhus és a finn Kiruna ellen kettős győzelmet arattak, a Slovan Bratyiszlavával szemben azonban oda-vissza alul maradtak. Ősszel újra az UEFA-kupa következett, komoly sikerrel: a Gróningemet búcsúztatta a Vác (1-0, 1-1). A második kanyarban a Benficát hozta a Vác útjába a sorsolás, Liszabonban 5-1-re győztek a portugálok, Vácon pedig 1-0-ra nyertek. 1993-ban ismét az UEFA-kupában szerepelt a Vác, súlyos kudarccal: a hazai odavágón 2-0-ra nyertek az Apollón Limassol ellen, Cipruson viszont már 4-0-ra alul maradtak. 1994. nyarán az Intertotó-kupában négy mérkőzést játszott a Vác, az Inter Bratyiszlava, a Ceské Budejovice, valamint az Ikast ellen is nyertek a Váciak, az ötös csoport döntő mérkőzésén Hamburgban azonban 2-1-re kikaptak. Magyar bajnokként 1994. őszén a Bajnokok Ligája selejtezőjében is szerencsét próbálhatott a Vác: a Paris Saint Germain 3-0 és 2-1 arányban verte a magyar bajnokot. A nemzetközi szempontból is rendkívül eseménydús éveket 1995-ben egy rövid KEK szereplés zárta: a macedón Silex 3-1, 1-1 eredményekkel búcsúztatta a váciakat. Három nézőcsúcsot tartanak számon, mint váci nézőcsúcsot: 1990-ben a Fradi vendégjátékát, 1986.ban a feljutás idején egy Salgótarján elleni másodosztályú bajnokit, 1982-ben pedig egy magyar-szovjet öregfiúk válogatott mérkőzést. A sikerek, a növekvő érdeklődés és a nemzetközi szereplés infrastruktúrális fejlesztéseket is hozott: 1993-ban eredményjelző táblát szereltek fel a stadionban, két évvel később pedig a Fradi elleni kupadöntő előtt bevezették a világítást és tv közvetítői állást is létesítettek. A világítást felavató mérkőzésen a Vác FC 8-0-ra legyőzte az olimpiai válogatottat. Ebben a korszakban szurkolói ultracsoport is alakult, a Samsung helyét a 90-es évek közepén szponzorként pedig a Zollner foglalta el.

A Váci Izzó beolvadásával változott a klub neve és struktúrája (1980). 1982-ben az átszervezések miatt két évre távozott a csapat a másodosztályból, azonban már 1984-ben egy bajnoki címmel tért oda vissza. Ezzel vette kezdetét a váci futball történetének legsikeresebb korszaka. 1985-ben bronz, majd 1987-ben ezüst érmet nyert a csapat a második vonalban, utóbbi eredménynek köszönhetően 1987 őszén első pest-megyei csapatként megkezdhette szereplését az NB I-ben, ahol 13 évet töltött el. Ebben az időben állt a csapat mellé támogatóként a Samsung, mely évekig biztosította az elsőosztályú szereplés biztos anyagi hátterét.