A váci irgalmas rendházat gr. Migazzi Kristóf bécsi hercegérsek és helyettes váci püspök alapította. Ő telepítette az irgalmasokat a városba 1763-ban. Bőkezű jótevője volt a Rendnek. 1764-ben a Rend és kórház céljára alkalmas telket is ajándékozott.
Eleinte a kórház gyógyszertárral nem rendelkezett. Az később kezdte meg működését. Ez a bécsi alapítású, és a székesfővároshoz közeli intézmény, az egyik legjobban működő egyházi gyógyító intézményként számon tartott kórház volt. Szükségleteinek jelentős részét a jól menő patika (amelyet vásárlás útján vett birtokba a Rend, 1808-ban), a hozzá számított borjövedelem (Egerrel ellentétben), a perselypénz, misealapítványok és magánalapítványok biztosították.
1950-ben az ország területén működő szerzetesrendeket feloszlatták. Az 1950. július 2-n kelt 25/1950. sz. törvényerejű rendelet a gyógyszertárak állami tulajdonba vételét rendelte el. Az 1950. szeptember 7-n kelt 34/1950. számú rendelettel pedig az összes női és férfi szerzetesrend működési engedélyét felfüggesztették. A szerzeteseknek el kellett hagyniuk rendházaikat, és a szerzetben folytatott munkakörüket elvesztették.
