A török fennhatóság alól Vác 1686-ban szabadult fel végleg, ekkorra épületállománya teljesen romokban hevert, állandó lakossága nem volt, földjei parlagon. Az újjáépítő munkát azonnal megkezdték, de hadi események (Rákóczi szabadságharc), valamint természeti katasztrófák évtizedekig hátráltatták azt. Az 1731-es tűzvészt követően - melyben az akkor 229 belvárosi házból 198 leégett - kezdődtek meg a nagy püspöki építkezések. A XVIII. század második felére, az 1770-es évekre alakult ki a zömmel középkori alapokra épített barokk város.
A város újranépesülése részben a püspökök szervezett telepítő munkájának, részben spontán beköltözéseknek köszönhető. Az újjáépítést és a gazdaság talpra állítását célul kitűző püspök-földesurak különböző kedvezményekkel - ingyenes házhely, építőanyag, adókedvezmények - igyekeztek idecsalogatni a kizárólag katolikus telepeseket. A betelepülők zöme - a visszatelepülő magyarok mellett - német nyelvterületről érkezett, de csehek, morvák, szlovákok, szerbek, horvátok, sőt franciák és olaszok is jöttek. Ez a heterogén eredetű lakosság a XVIII. század végére vált öntudatos váci polgárrá. Fejlődésnek indult a mezőgazdaság - különösen a szőlőtermesztés - és a kézművesipar is.
A korra jellemző vallási békétlenség a városszerkezet alakulására is hatással volt. A török idők alatt protestáns hitre áttért lakosságot igyekeztek visszatéríteni a katolikus vallásra. A püspöki székvárosban 1712-ben Kollonich püspök megtiltotta a nem katolikusok szabad vallásgyakorlását. A reformátusok ezért a várostól északra fekvő területre költöztek, ahol Kisvác néven jobbágyfalut alapítottak, ami külön élt és működött 1769-ig.
Sajátos újabb kettősség a korabeli város felosztása a Püspökség és a Káptalan birtokjoga szerint. Megegyezés alapján a Káptalan - mint önálló testület - Vác földesúri jövedelmeinek 1/8 részét kapta volna, de perre került sor, mivel a püspöki uradalom nem fizette ezeket a jövedelmeket. A per a város tényleges felosztásával fejeződött be, a Káptalan az elmaradt összeg fejében megkapta a város és határa 1/8-ad részét. Ettől kezdve Káptalan-Vác külön közigazgatási egységet alkotott, külön tanáccsal, pecséttel, önálló céhszervezetekkel. Vác ikerváros lett, s a két mezőváros - Káptalan-Vác és Püspök-Vác - csak a közös ügyeket tárgyalva alkotott közös bizottságot.
