Székesfehérvár város levéltárát a város török általi elfoglalása (1543. szept. 3.) előtt a magisztrátus megkísérelte elmenekíteni. A források szerint az iratokat az ország nyugati felén szándékoztak elrejteni. Ezt erősíti meg Szamosközy István 1604. febr. 3-i levele, amely arról számol be, hogy (Budáról, Pécsről, Esztergomból) Székesfehérvárról Nagyszombatba menekítették az iratokat. Ennek ellenére az értékes anyag elkallódott. Az 1690-es években megkezdődött felkutatásuk, de eredménytelenül. Ennek következtében a Székesfehérvár Megyei Jogú Város Levéltára őrizetében lévő legrégebbi irat a város török uralom alóli felszabadulása évéből, 1688-ból származik.
A város levéltárának felügyeletét a török kiűzését követően a József-kori átszervezésig a főjegyző látta el. A város első, név szerint említett levéltárnoka Zsarvóczay (Zarnóczay) János volt, 1788-tól töltötte be a tisztséget. A levéltár első instrukcióját 1824-ben dolgozták ki. Az intézmény szakszerű kiépítése és megszervezése Moenich Károly és Juhász Viktor nevéhez fűződik. A város levéltárnokai közül kiemelkedik Moenich Károly személye, akinek levéltári munkája mellett historiográfiai tevékenysége az 1880-as években bontakozott ki. Az ő nevéhez fűződik az első tudományos archontológiai írás a várostörténeti munkák között. 1848-49-es forrásközlései mára már megsemmisült iratok szövegét mentették meg az utókornak. A két világháború közötti időszakban a várostörténet- írás fellendítésében, valamint a levéltári forrásközlések fontosságának hangsúlyozásában Juhász Viktor levéltárnoknak volt nagy szerepe.
A levéltár gyűjti Székesfehérvár város feudális-, polgári, és legújabbkori önkormányzati szerveinek, közüzemek, gazdasági szervek, ipartestületek, jogszolgáltatási szervek, családok, személyek iratait. A gyűjtemény gerincét a város mindenkori önkormányzatának, illetve egyes korszakokban a várost vezető kinevezett adminisztratív szervnek, és intézményeinek iratanyaga adja. A város tanácsának 1688-tól kezdődő összefüggő irategyüttese, a tanácsülési jegyzőkönyvek és tanácsi iratok nagy forrásértékkel bírnak. Fontos források a népösszeírások, a népszámlálási iratok, valamint a végrendeletek. Értékes irategyüttest képez a város Kamarási Hivatalának, Adó, Árva, Kapitányi és Telekhivatalának iratanyaga (benne az 1712. év alapfelvételeivel, valamint a II. József-kori földmérési iratokkal), s a később létrejött Számvevői és Mérnöki hivatal iratai.
A tanácsülési jegyzőkönyvek nyelve 1689 és 1790 között német és latin, 1791 és 1814 között latin, 1815-től magyar. Az iratok nyelve a 18. sz. folyamán német és latin vegyesen, de a magyar nyelvű iratok sem ritkák. A II. József-kori népszámlálás iratai német nyelvűek. A magyar nyelvet a hivatali ügyintézésben hivatalossá tevő 1840. évi VI. tc.-el összhangban a város 1843-ban kérelmezte magyar köriratú pecsét használatának engedélyezését az uralkodótól, amelyet 1845-ben meg is kapott. A városi ügyintézés nyelve azonban már az ezt megelőző évtizedekben is magyar nyelvű volt.
Kiemelendő Székesfehérvár város Törvényszékének feudális kori iratanyaga (1699-1848), de jelentős értékkel bírnak a későbbi korszakokból a város Kiküldött Bíróságának (1855-1860), valamint Visszaállított Törvényszékének (1861-71) iratai is. Gazdag forrásadottságokkal bír Székesfehérvár város Bizottmányi Közgyűlésének iratanyaga is 1848-49-ből. Az 1848-49-et követő korszakból a tanácsi és polgármesteri iratok mellett, a város egyes szakigazgatást ellátó bizottmányainak és szakosztályainak (1849-1872), valamint a város szabályrendeleteinek gyűjteménye (1851-1944) érdemel említést.
Az 1870. évi közigazgatási rendezés eredményeképpen a szabad királyi város a törvényhatóságú jogú városok közé került. E korszak fontos forrásai a Törvényhatósági Bizottság iratai (1872-1944, 1945-50). A közigazgatás rendezéséről szóló 1929. évi XXX. tc. értelmében átalakult a város „belszerkezete”, ami az iratanyag struktúráján is tükröződik.
A II. világháború során a levéltári iratanyagot nem menekítették el a városból. Jelentős részét az ekkor épülő Horthy Miklós Kultúrház (ma Vörösmarty Mihály Megyei Könyvtár épülete) alagsorában és pincéjében helyezték el. Az itt tárolt iratok nem károsodtak, ellentétben a városházán maradtakkal; így például a Törvényszéki iratok acta iuridica iratanyaga (1788-1848) 19. századi részének egyharmada fertőzött lett, és szinte menthetetlen állapotba került.
A várost 1950-ben a tanácsrendszer bevezetésével – a várostörténetben példátlan módon – a járási tanács fennhatósága alá rendelték. E kötelékből csak 1954-ben szabadult ki, ezt követően a megyei tanács felügyelte az immár járási jogú várost.
Székesfehérvár életében különös jelentőséggel bír, hogy 1989 áprilisában megyei várossá, majd 1990. dec. 1-jén megyei jogú várossá nyilvánították.
A levéltár őrzi intézetek és intézmények iratait is. Igen gazdag a tanintézetek anyaga, különösen jelentős a nagy múltú Ybl Miklós Gimnáziumé (1855) 1878-1950, és a Szent Margit Leánygimnázium, a későbbi Teleki Blanka Gimnáziumé (1910-1986). Az intézmények közül értékes a Székesfehérvári Színház (1898-1993), valamint a Városi ispita (1766-1833), az Elaggott polgárok intézete (1833-1922) és Székesfehérvár város polgári kórházának (1833-1892) iratanyaga is. A testületek anyagában található fondok közül említést érdemel a Székesfehérvári iskolák Iskolaszékének iratai (1872-1921), s a székesfehérvári városi elemi iskolák felügyelő igazgatójának iratai (1890-1936).
A város-történetírás szempontjából igen értékes anyagokat találhatunk a családok (pl. Say, Karl család) és személyek (Kállay István történész, Szarka Géza író, levéltáros, várostörténész, Moenich Károly városi főlevéltáros és Kecskés Sándor kutató) irataiban is. A gyűjtemények közül kiemelt fontosságú a térképgyűjtemény, benne a városról készült legkorábbi, Wüstinger József által készített térképekkel, a plakátok és aprónyomtatványok, iskolai évkönyvek, a Székesfehérvár városközpont rendezési tervének feltáró lapjai, valamint a tervtár anyaga (1896–1992). Említést érdemel a kézirattár is, amely számos értékes várostörténeti kéziratot tartalmaz. A mikrofilmgyűjteményben a r. k. plébániák anyakönyveiről, valamint a helyi sajtóorgánumok közül többről is (pl. Székesfehérvári Friss Újság) találhatók másolatok. Vállalatok iratai – érthető módon – kevésbé vannak képviselve az intézményben, de itt említendő értékes iratanyag a Sagittarius Kft. Tervtára (1976–1984).
Az intézmény újjáalakulása óta számos tudományos konferenciát rendezett, s kiadványokkal is jelentkezett. A levéltár szakkönyvtárral rendelkezik, amelynek katalógusa a SZIRÉN könyvtári program segítségével lekérdezhető.
«